大祖堂は、開山堂と法堂を兼ねた本堂客殿です。
道元禅師︵曹洞宗の開祖︶と、瑩山禅師︵總持寺の開祖︶、峨山禅師︵總持寺二祖︶をはじめ、歴代の禅師様の頂相を安置し、諸尊牌を奉祀しています。
明治41年に、能登半島から現在の横浜市鶴見へと移転の事業が進行しましたが、この大祖堂は昭和40年に竣工の運びとなりました。
偉大な祖師方をお祀りしていることから大祖堂と名づけられました。
中央に御開山である瑩山禅師、向かって右には道元禅師、左には峨山禅師と、三尊を中心に祀られています。
さらにその左右に﹁五院﹂開基の各尊像を配し、左端一位には輪住、独住の諸禅師の尊牌が祀られています。
